Francisco Antonio de Escandón nació en Madrid, España, y fue religioso de los Clérigos Regulares de San Cayetano (teatinos). Desarrolló su ministerio sacerdotal en España y en otros países de Europa, ocupando diversos cargos dentro de su congregación. Se destacó como predicador del rey Felipe V en su corte, lo que le dio gran prestigio en el ámbito eclesiástico y político.
El papa Inocencio XII lo eligió obispo de Concepción el 12 de mayo de 1723. Fue consagrado en España ese mismo año y tomó posesión de su diócesis en 1724, sucediendo a Juan de Nicolalde, promovido al arzobispado de Charcas. Durante su gestión en Concepción, reparó la catedral, impulsó el seminario local y enfrentó los problemas diocesanos, destacando especialmente su labor humanitaria tras el terremoto de 1730.
El 18 de junio de 1731, Clemente XII lo promovió al arzobispado de Lima, donde tomó posesión en 1732. En esta etapa ejerció una labor conciliadora frente a graves conflictos con órdenes religiosas y momentos de tensión política, como el motín de Antequera. Aunque su relación con el virrey Castelfuerte fue difícil, logró fundar monasterios, reorganizar la administración de hospitales y fortalecer el cabildo.
A pesar del deterioro de su salud, realizó extensas visitas pastorales y gestionó el nombramiento de un obispo auxiliar para asegurar la continuidad de la labor episcopal. Falleció en Lima el 21 de abril de 1739, dejando un legado de equilibrio, diplomacia y firme compromiso pastoral en la arquidiócesis.