Nace en Medellín, Colombia, en 1680. Hijo de Bartolomé Bermúdez Becerra y Josefa Ruiz de la Parra. Estudió en la Universidad e Santa Fe y se gradúa de Doctor en Teología. Es ordenado sacerdote en 1704.
Ejerció durante 25 años como sacerdote en Santa Marta, desempeñando cargos de párroco, provisor y vicario general. Posteriormente fue designado canónigo de la catedral de Quito.
Clemente XII, por presentación de Felipe V, lo eligió Obispo de Concepción el 18 de junio de 1731. Consagrado en Quito, en 1733.
Toma posesión del cargo en 1734, en el enfrentó la reconstrucción de la ciudad tras el terremoto de 1730 y la organización pastoral frente a indígenas y corsarios.
Fue fundamental en el establecimiento en Concepción de un monasterio de monjas trinitarias en 1736, para cuya fundación obtuvo el permiso del rey. Además de ser el impulsor clave en la fundación de la ciudad de Los Ángeles, Chile, en 1739. Propuso al gobernador José Antonio Manso de Velasco establecer una villa en la Isla de la Laja para evangelizar y dar seguridad, financiando personalmente la primera iglesia (San Miguel Arcángel).
Fue el primer obispo chileno en contar con un auxiliar investido de la dignidad episcopal, Pedro Felipe de Azúa, que residiese en Chiloé y cuidara de las regiones australes de Chile, desde Valdivia al sur. Además el Sr. Bermúdez pidió a Roma autorización para conceder a algunos sacerdotes la facultad de administrar el sacramento de la confirmación en aquellas apartadas tierras.
Benedicto XIV lo designa en 1742 como Arzobispo de La Paz, para luego en 1746 trasladarlo como Arzobispo a Charcas, falleciendo lamentablemente antes de poder tomar posesión de su nuevo cargo.