Juan de Nicolalde nació en la provincia de Charcas, Potosí (actual Bolivia), en una familia de noble ascendencia.
Estudió en el colegio San Juan Bautista de la Plata y en la Universidad de San Francisco Javier, también en La Plata, a cargo igualmente de los jesuitas, donde obtuvo los grados de maestro en Artes y doctor en Teología. Sus estudios eclesiásticos los hizo en el Seminario de La Plata, ordenándose sacerdote hacia 1688. Fue Cura de Potosí por cuatro años y después de Porco, en donde costeó la construcción de una iglesia. En 1697 fue presentado a la canongia magistral de la Plata, en 1714 tenía la dignidad de chantre de la Catedral de la Paz.
El papa Clemente XI lo nombró obispo de Concepción el 1 de abril de 1715, sucediendo a Diego Montero del Águila. Fue consagrado probablemente en La Paz en 1715 o 1716 y tomó posesión de su diócesis el 18 de enero de 1717. Durante su episcopado se preocupó por la formación del clero y la instrucción religiosa de los fieles, creando un seminario y organizando misiones itinerantes. También fundó nueve cofradías para fortalecer el culto divino y nombró visitadores parroquiales permanentes, algunos de los cuales murieron mártires en manos de los indígenas.
En 1723, el papa Inocencio XIII lo trasladó a la archidiócesis de Charcas. Sin embargo, falleció en Tacna el 14 de mayo de 1724, mientras se dirigía a tomar posesión de su nuevo cargo.